Die Kernspintomographie stellt Bauchorgane wie Leber, Milz, Pankreas und Nieren hochauflösend und überlagerungsfrei dar. So lassen sich unklare Raumforderungen oder Entzündungen abgrenzen und beurteilen.
Bei der so genannten MRCP werden die ableitenden Gallenwege und der Bauchspeicheldrüsengang dargestellt. So sind Konkremente (Steine) und Wandveränderungen sowie Engstellen gut nachzuweisen.
Die Untersuchung des Dünndarmes ist eine innovative strahlungsfreie Methode. Eingesetzt wird sie meist, um chronisch entzündliche Darmerkrankungen (wie z.B. Morbus Crohn), aber auch Raumforderungen nachzuweisen. Mit dieser Methode lassen sich die Ausbreitung der Entzündung, Wandverdickungen und Stenosen, aber auch typische Komplikationen wie Abszesse und Fistelbildungen Schicht für Schicht darstellen.
Gegenüber herkömmlichen Verfahren bietet die MRT auch Vorteile bei der Untersuchung der weiblichen und männlichen Beckenorgane wie etwa Gebärmutter, Eierstöcke oder Prostata sowie der Harnblase.
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